Adosada al cuerpo de la nave, por el lado de la epístola, se encuentra la Sacristía Mayor, convertida en la sede del Museo de Arte Sacro de la Encina. El considerable número de clérigos de la Basílica: rector, prebendados, presbíteros y capellanes, hizo que la pequeña sacristía construida en el año 1602 fuese insuficiente, ya que la que se empezó a construir en el lado opuesto a mediados de la misma centuria, nunca se llegó a finalizar, por eso el concejo y la fábrica de iglesia procederán a la construcción de otra sacristía. Así, el Concejo de Ponferrada y las autoridades de la Villa, en reunión del 12 de abril de 1705, deciden construir una nueva para “mayor decencia del culto divino y por el mucho número de sacerdotes y personas que necesitan ocuparla”. Su construcción se retrasará cinco años, hasta que se termine el camarín de la Virgen. Las obras comenzaron en el año 1710 y finalizan en 1717. Costa de cuatro ampliaos tramos que se cubren con bovedas de lunetos. Romualdo de la Iglesia y Fausto de Monteagudo, hicieron las trazas y las condiciones, mientras Francisco y Simón de Carvajal construyeron sus cuatro bóvedas. Los gastos ascendieron a 26.037 reales.

  Una vez saneadas las arcas parroquiales, se procedió entre 1750 y 1754 a construir, a continuación de la Sacristía Mayor, un salón parroquial.

  La Sacristía dispuso, hasta fecha relativamente recientes, de varios retablos. El Mayor, construido en 1791, dorado por Antonio de Prado y financiado gracias a las rentas del obispo don José Flórez Osorio. Los laterales estaban bajo la advocación de San Cristóbal de San Vicente. Sus cajones actuales, de gran mérito, se fabricaron entre 1717 y 1729, con madera de nogal de Toral de Merayo, de las huertas de Sacramento y de las riberas del Sil.

  Tanto la Sacristía Mayor como la Sala de Juntas han estado inmersas en un proceso de conversión para la sede del Museo de Arte Sacro de la Basílica de la Encina. Proyecto iniciado en 1958 con motivo de la celebración del cincuentenario de la Coronación de la Virgen. En él se exponen los tesoros sacros de la Basílica de la Encina: pinturas, cruces procesionales, orfebrería, tallas, ropas litúrgicas, tanto de la propia parroquia como de otras de su entorno.

  Entre las pinturas destacaremos el cuadro titulado la Batalla de Lepanto (334 × 550 cm), realizado en el siglo XVIII y donado posiblemente por la Cofradía del Rosario. Al margen del interés iconográfico de la propia batalla, entre la armada cristiana y la turca, nos interesa subrayar su vinculación con la exaltación de la orden dominica y con la cofradía de la Virgen del Rosario, cuya imagen domina toda la composición. No hemos de olvidar que se intituló la festividad del Rosario el día 7 de octubre, precisamente el mismo día que tuvo lugar la batalla ganada gracias a la intervención de la Virgen. En el primer plano se describen con todo detalle escenas del abordaje entre las naves capitanas de la escuadra turca y de la alianza y en el lateral izquierdo del Papa Pío V en el momento en el que se revela el triunfo de los cristianos sobre los musulmanes.